Читать: http://www.php.net/manual/en/features.http-auth.php

Это делается при помощи диррективы PHP : safe_mode, и параметра open_basedir.
Пример:
<VirtualHost 195.206.40.162:*>
ServerName tit.irk.ru
LanguagePriority ru en
DocumentRoot /home/users/WWW
<Directory /home/users/WWW>
php_admin_value open_basedir /home/users/WWW
</Directory>
</VirtualHost>

В итоге, если "умный" юзер Вася пытается что-то сделать с файлами за пределами его (/home/users/WWW) дирректории, то он получает:
Warning: open_basedir restriction in effect. File is in wrong directory. in /home/users/WWW/ss.pht on line 3
Warning: fopen("/etc/passwd","r") - Operation not permitted in /home/users/WWW/ss.pht on line 3

За более детальным конфигом с комментариями:
http://www.php4you.kiev.ua/docs/php_limit.html

Что бы дать юзеру хранить/читать/писать в файлы вне www, но в пределах доступности скрипта нужно исправить строку:
php_admin_value open_basedir /home/users